Im Mittelpunkt der Abhöraktionen standen Informationen aus der Bundesregierung, den Landeskabinetten, den Parteien und Medien, der Bundeswehr, der Rüstungsindustrie, den Führungsgremien der NATO, den westdeutschen Geheimdiensten und der Polizei. Daneben wurde die dem Aufspüren illegaler Funksendungen auf dem Gebiet der DDR dienende Funkabwehr betrieben und die auf den DDR-internen Funkbetrieb beschränkte Funkkontrolle.
Vor der Umstrukturierung Anfang der 80er Jahre befassten sich zwei Dienstbereiche mit der Funkarbeit im MfS: Von 1951 bis 1955 analysierte man in der HA S/2 die von westlichen Geheimdiensten benutzten technischen Verfahren und Chiffren bei der Nachrichtenübermittlung mittels Sendern und Fernsprech und Telegrafieeinrichtungen für Funk. Parallel dazu begann der technisch-organisatorische Aufbau einer Spionagefunkabwehr. Die hierauf im Jahr 1955 gebildete Abteilung Funkabwehr war bis 1968 die einzige MfS-Diensteinheit, die sich mit Angelegenheiten des speziellen Nachrichtenfunks beschäftigte. In diesen 13 Jahren wurde ein Funkfahndungssystem formiert, das aus drei Funkbeobachtungsstellen (FBS), neun Peilpunkten (PP) sowie Trupps zur mobilen Funkfahndung bestand. Bei der Suche nach Agentenfunkern und Funkresidenturen in der DDR arbeitete die Abteilung F mit dem Sachgebiet Funk der HA II zusammen.
Im Rahmen der Spionagefunkabwehr auf dem gesamten sozialistischen Territorium bekamen die FBS und PP Aufgaben zur Funkortung und Funkpeilung vom Apparat der Koordination zugewiesen. Seit dem Jahr 1966 wurde die Funkarbeit im MfS neu ausgerichtet: Man löste sich von der alleinigen Fixierung auf den Spionagefunk und ging zur offensiven Abschöpfung von Funkkanälen über. Die Gründung der Koordinierungsgruppe Funk und technischphysikalische Mittel, die zunächst den Rang einer Stabsstelle im Operativstab beim stellvertretenden Minister besaß und dort bis ins Jahr 1971 zum Bereich III erweitert wurde, markierte den Beginn der Funkaufklärung: Im sog. Punktsystem baute man Funkaufklärungsstützpunkte auf, um die von der Bundesrepublik und 136 Hauptabteilung III (Funkaufklärung und Funkabwehr) ihren Verbündeten unterhaltenen Informationskanäle im UKW-Funkspektrum abzuhören. Am 1.7.1971 wurden im MfS die Abteilung III und in den BV wie in der Verwaltung Groß-Berlin die Referate III gebildet. Die neue Diensteinheit trug auch die Bezeichnung Spezialfunkdienste (SFD) des MfS und kooperierte mit der Abteilung Funkabwehr.
Der Auftrag der HA III bedingte den Einsatz von funkelektronischen Mitteln und ein Gefüge aus Stützpunkten, Gebäuden, Anlagen und technischen Dienstleistungsstellen. Im Jahr 1989 existierten auf dem Gebiet der DDR 187 Stützpunkte: 105 feststehende sowie 82 mobile oder halbstationäre Abhörstellen an regelmäßig aufgesuchten Geländepunkten. Dazu erfüllten 41 Stützpunkte von anderen DDR-Ministerien Abhöraufträge oder Funkkontrolldienste im Auftrag der HA III.
Die HA III verfügte im September 1989 über 2.361 Mitarbeiter, weitere 654 gab es in den 15 Abteilung III der BV. Der zentrale Dienstsitz befand sich in Berlin-Köpenick, im Zentralobjekt Wuhlheide (ZOW). Im Jahr 1989 gliederte sich die HA III bei insgesamt 25 Abteilungen in die fünf Anleitungs- und Arbeitsbereiche Operativ (O), Informationsgewinnung (I), Funkabwehr (F), Sicherheit (S) und Technik (T).
